Die Selbstzerstörung eines Schiffs ist immer die allerletzte Option, die in Krisensituationen gewählt werden sollte, um sicherzustellen, dass das intakte Schiff und seine enthaltene Technologie nicht in die Hände des Feindes gerät. Meist wird die Selbstzerstörungsautomatik dann eingeleitet, wenn die Chancen auf Rettung des Schiffs gleich Null stehen.
Die Selbstzerstörung kann nur vom befehlshabenden Offizier zusammen mit einem oder zwei weiteren Offizieren des Führungsstabs ausgelöst werden. Nach der Aktivierung der Automatik legt der befehlshabende Offizier einen zeitlichen Countdown nach eigenem Ermessen fest. Anschließend leitet der Hauptcomputer die Initialisierung der Selbstzerstörung ein.

Nach der Einleitung der Selbstzerstörungsautomatik sollte das Schiff, abhängig von der Situation und der Möglichkeiten, evakuiert werden. Um nach dem Verlassen des Schiffs nicht eine feindliche Über-nahme zu riskieren, müssen alle Systeme, Konsolen und andere Computerstationen gesperrt und abgeschaltet werden. Anschließend sollte eine Notrufboje gestartet werden, die ein verschlüsseltes Föderations-Subraumsignal aussendet.
Der Countdown der Selbstzerstörungsautomatik kann bis einschließlich bzw. spätestens bei Zeit-index T-1 abgebrochen werden, da bei T-0 die Sprengsätze gezündet werden. Für den Abbruch reicht die alleinige Zustimmung des befehlshabenden Offiziers.

Es gibt zwei Arten der Zerstörung: Die Zerstörung durch Überlastung der Antriebssysteme und die Zerstörung durch schiffsinterne Sprengsätze. Als primäre Zerstörungsmethode wird im Allgemeinen die Zündung der Sprengsätze verwendet:

Zerstörung durch Sprengsätze:
Als primäre Selbstzerstörungsmethode wird eine Vernichtung des Schiffs über die gleichmäßig ver-teilten Schiffssprengsätze herbeigeführt. Diese Sprengsätze werden systematisch von innen nach außen gezündet.