Ein Raumschiff kann nach sechs verschiedenen Standardeingabemodien navigiert werden. Die geschieht entweder per Tastatureingabe mittels der Navigationskonsole oder per Stimmanweisung an den Hauptcomputer. Bevor sich das Raumschiff nach der Anweisung in Bewegung setzt, wird durch die Flugkontrollsoftware automatisch eine optimale Flugbahn errechnet, die mit den Flug- und Sicherheitsregeln der Sternenflotte übereinstimmt. Sollte eine Abweichung dieser Vorgaben festge-stellt werden, so gibt der Hauptcomputer dies mittelns einer Warnmeldung bekannt.
Der Navigator hat die Möglichkeit, den Kurs auszuführen oder einzelne Parameter entsprechend der speziellen Erfordernissen einer Mission zu verändern. Die Kurseingabe kann nach folgenden Parametern erfolgen:


Galaktische Koordinaten
Diese Eingabe erfolgt nach der Angabe der galaktischen Standard-XYZ-Koordinaten, und bedarf die ausführlichste und genauste Bestimmung. Die meisten Besatzungsmitglieder empfinden diese Art der Kursbestimmung als die mühseligste.

Angenommen der Captain dieses Raumschiffs befiehlt nun eine Kursveränderung um 45 Grad Steuerboard, so lautet der Wert des neuen Flugvektors 075,0. Hätte er eine Kursveränderung um 45 Grad Backbord befohlen, würde der neue Flugvektor 345,0 lauten; wobei der Flugvektor auch mit -015,0 angegeben werden könnte, dies aber standardmäßig nicht üblich ist.
Die Eingabe des Kurses kann bei der absoluten Richtungsangabe über die Angabe des horizontalen Winkels (also z.B. 65 Grad Backbord) oder über den genauen Flugvektor (also z.B. 221,6) erfolgen.

Relative Richtungsangabe
Die relative Richtungsangabe bezieht sich auf die momentane Ausrichtung des Raumschiffs. Anders als bei der absoluten Richtungsangabe, ist die relative Richtungsangabe nicht von der Position des Mittelpunkts der Galaxie abhängig. D.h., dass die horizontale 0/360 Grad-Achslinie auf die Front-richtung bezieht. Fliegt das Raumschiff also direkt geradeaus, entspricht der Flugvektor dem Wert 000,0.

Zielsektor
Der Kurs kann aber auch über die Angabe des Zielsektors erfolgen. Dazu dient vorallem die gültige Identifikationsnummer oder die geläufige Bezeichnung des Sektors. Der Hauptcomputer bzw. die Navigationssoftware ermittelt dann automatisch den genauen Kurs anhand der aktuellen Position des Raumschiffs.
Sollte bei der Angabe des Ziels innerhalb eines Sektors genaue Informationen fehlen, so wird die Flugbahn des Raumschiffs auf das geometrische Zentrum des Sektors ausgerichtet, vorausgesetzt, dort befindet sich kein Meteroidenfeld oder eine Sonne oder ähnliches.

Zielsternensystem oder -planet
Der Kurs kann ebenso über die Angabe eines Zielsternensystems oder -planeten erfolgen, vorausgesetzt, dieses bzw. dieser ist stellar-kartographisch in der Datenbank erfasst.
Es können aber auch Raumstationen und andere technische Einrichtungen, die sich an einer festen Position im Weltall befinden, angeflogen werden; falls dieses ebenfalls stellarkartografisch in der Schiffsdatenbank erfasst sind.

Wie bereits erwähnt, kann der Kurs über Sprachbefehle an den Hauptcomputer weitergeleitet oder über eine Navigationskonsole (die übliche Verfahrensweise) eingegeben werden.
Über Navigationskonsolen lässt sich jedoch nicht nur der Kurs des Raumschiffs programieren, sondern es lassen sich auch die drei Antriebsarten regulieren: Der Warpantrieb, der Impulsantrieb und die Steuerdüsen (die das Fliegen von Kurven möglich machen). Die unten abgebildete Konsole ist folgendermaßen aufgebaut: Links die Kontrolle der Steuerdüsen, Mitte der Impuls- und rechts der Warpantrieb.