Im Jahr 1993, etwa zwei Jahre nach Gene Roddenberrys Tod, wurde von Paramount Pictures der zweite Ableger bzw. die dritte Serie von "Star Trek" produziert. Zum ersten Mal in der Geschichte von Star Trek spielte nicht mehr das Raumschiff Enterprise die Hauptrolle einer Serie. In DS9 geht es um eine gleichnamige Raumstation, die in der ersten Hälfte des 24. Jahrhunderts von den Cardassianern als Erzverarbeitungsstation "Terok Nor" im Orbit um den von den Cardassianern besetzte Bajor errichtet wurde. Als 2367 in TNG ein Friedensvertrag mit den Cardassianern und der Föderation geschlossen wird, fällt u.a. Bajor durch eine Neugestaltung der Raumgrenzen an föderiertes Gebiet. Der dunkelhäutige Commander Benjamin L. Sisko übernimmt im Jahr 2369 Terok Nor, das ab sofort "Deep Space Nine" heißt. Als kurz nach der Übernahme der Station das bajoranische Wurmloch gefunden wird, lässt Sisko die Station an den Randbereich dieses Phänomens verlegen.

Auch in "Star Trek - DS9" lernt der Zuschauer neue Charaktere kennen. Beispielsweise den Gestaltswandler Odo, der Sicherheitschef von DS9 im Dienste des bajoranischen Militärs. Oder Major Kira Nerys, der weibliche bajoranische Erste Offizier, um nur einige zu nennen. Unter der Stammbesatzung von DS9 entdeckt der Zuschauer aber auch ein bekanntes Gesicht: Chief Miles Edward O'Brien, der 2369 zusammen mit seiner Familie auf die Raumstation versetzt wurde.
Die Serie hat gegenüber TOS und TNG eher einen mäßigen Start. Die bajoranische Religion um die Wurmlochwesen, die die Bajoraner Propheten nennen, steht überwiegend im Vordergrund. Dennoch spielt aber auch die Erforschung des Gamma-Quadranten, in den das bajoranische Wurmloch endet, eine große Rolle.

Zu Beginn der dritten Staffel von DS9 wird ein neues Raumschiff in die Serie eingebunden, welches fortan einen festen Platz einnehmen wird: die tarnfähige USS Defiant. Somit spielt die Serie nicht mehr nur auf einer Raumstation, sondern auch wieder auf einem Schiff.

"Star Trek - Deep Space Nine" erlebt ab der dritten Staffel zunehmend eine Art "aufblühen". Immer mehr rückt das feindlich gesinnte Dominion aus dem Gamma-Quadranten in den Vordergrund. Die drohende Gefahr wirkt sich negativ auf die Allianz zwischen Klingonen und Föderation aus, welche schließlich auch kurzzeitig aufgelöst wird. In der vierten Staffel bekommt die Serie eine neue feste Figur: der Klingone Worf aus TNG, der bis zum Serienschluss dabei bleibt. Schließlich kommt es zum Krieg zwischen Dominion und der Föderation, der sich bis zur letzten Folge zieht und die Haupthandlung der Serie übernimmt. (akb)